除了和分析色譜同樣的考慮外，在選用流動相時，要考慮色譜分離后面加有旋轉蒸發等二次分離操作。一般來說，不宜采用高毒性溶劑，對多元溶劑要盡可能的少用。如果產品中含有大量溶劑，溶劑的純度也要考慮在其中。

組分保留時間的估計

用分析柱子在同等色譜條件下（同樣的固定相和流動相）測定保留時間后，按照單一組分的線流速（不是體積流速）一定，通過計算可以知道組分的大致保留時間區域。分析譜圖的峰形狀，對確定保留時間也有很大的參考價值。

產品的收集

手工餾分收集費時費力，自動餾分收集器有很大的方便。許多實驗室和工廠都采用了餾分收集器。

柱轉換技術

通過接頭或者閥門，實現柱子的簡單延長，或者比較方便地實現對其中一個（或幾個）組分的精制。

新制備技術

模擬移動床可以連續進樣，并可以利用邊緣切割效用，而且采用了柱切換技術，能更好的利用溶劑和填料，已經應用于工業化生產。其理論和技術也日益完善。迎頭色譜、超臨界流體色譜、逆流色譜環形色譜、氣相制備色譜等在科研和工業生產中也得到了應用。